2001.9-2005.6 武汉大学生物技术专业 本科

2007.9-2012.6 中国科学院水生生物研究所遗传学专业 博士 （硕博连读）

2012.6-2014.7  中国科学院水生生物研究所，项目聘用

2014.7-2022.12 中国科学院水生生物研究所，助理研究员

2022.12-至今   中国科学院水生生物研究所，副研究员

以草鱼等经济鱼类为主要研究物种，辅以模式鱼类以及多种鱼类细胞系，以多基因复杂性状为目标，充分利用鱼类繁殖特点，结合基因组学与高通量测序技术，开发高效的鱼类选择育种新方法并开展应用研究：

1.鱼类高效选择育种相关技术开发，主要关注以下三个方面：

1) 基因型层面：高通量分子标记发掘与高通量亲子鉴定技术等

2) 表型层面：高通量表型测定技术与鱼体识别技术等

3）基因型-表型关联层面：新型鱼类全基因组关联分析算法与精准QTL定位算法等

2.鱼类组学数据库及在线组学分析平台的搭建

搭建并维护鱼类高通量数据相关的数据库及分析平台，包括各类转录组与基因组与分子标记数据库等。

3.新技术的应用与鱼类重要经济性状分子机制的解析

主要关注生长、抗病、脊柱畸形等多基因复杂性状，使用正向与反向遗传相结合的方法，解析自然状况下复杂性状差异的分子机制。

2021.12-2026.11  国家重点研发“农业生物种质资源挖掘与创新利用”专项课题：鲤鲫、草鱼优异种质资源鉴定（2021YFD1200804），1260万，参与

2019.1-2024.12   中科院战略先导专项A类项目子课题任务：鲤饲料高效转化的分子机制的生物信息学分析，200万，参与

2019.1-2021.12   国家自然科学基金青年项目：用两种鲤科鱼类模型解析遗传性脊柱侧凸的致病基因, 30万, 主持

2019.1-2019.12   淡水生态与生物技术国家重点实验室开放课题：草鱼与斑马鱼低温适应的多组织共表达网络比较分析，8万，主持

2018.1-2022.12 国家重点研发“蓝色粮仓科技创新”专项课题任务：重要养殖鱼类基因组选育技术平台构建，105万，参与

2016.1-2019.12 国家自然科学基金面上项目：草鱼生长速度差异的分子遗传机制研究, 75万, 参与

2013.1-2018.12  中科院战略先导专项A类项目子课题：鲤高产多模块耦合，900万，参与

历年来研究主要涉及基因组学、生物信息学与遗传学领域。完成了多种鱼类的基因组组装及分析，绘制了草鱼和黄鳝的高密度遗传连锁图谱；参与完成了目前最全的草鱼转录组baseline全景图，并作为骨干搭建了多个国际首例鱼类高通量数据库，涵盖多种重要经济鱼类与模式鱼类的全基因组基因信息、分子标记与各类转录组数据库；开发了利用鱼类繁殖特点的高通量亲子鉴定技术、新型关联分析算法等，并用于鱼类的生长与抗病相关研究；对多种鱼的转录组数据进行数据挖掘，发现了鱼类在低温应激情况下甾醇通路的特异激活以及在病毒感染的早期鱼类很可能依赖应激开启免疫应答的新途径。

代表性论文（通讯作者*或第一作者#）：

[1]      Guo C#, Duan Y#, Ye W, Zhang W, Cheng Y, Shi M*, Xia X-Q*, FishGET: a fish gene expression and transcriptome database with improved accuracy and visualization, iScience, 2023, 26: 106539. (SCI收录, IF=6.107, IF5=6.233, 中科院分区:综合性期刊2区)

[2]      Guo C#, Ye W#, Shi M*, Duan Y, Zhang W, Cheng Y, Xia X-Q*. FishSCT: a zebrafish-centric database for exploration and visualization of fish single-cell transcriptome. Science China Life Sciences, 2023, 66. DOI: 10.1007/s11427-022-2293-4. (SCI收录, IF=10.384, IF5=7.571, 中科院分区:生物学1区Top)

[3]      Ouyang G, Yuan L, Xia X-Q, Zhang W, Shi M*. Transcriptomes of zebrafish in early stages of multiple viral invasions reveal the role of sterols in innate immune switch-on. International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24: 4427. (SCI收录, IF=6.208, IF5=6.628, 中科院分区:生物学2区Top)

[4]      Ye W, Shi M*, Ren K, Liu Y, Duan Y, Cheng Y, Zhang W, Xia X-Q*. Profiling the spatial expression pattern and ceRNA network of lncRNA, miRNA, and mRNA associated with the development of intermuscular bones in zebrafish. Biology-basel, 2023, 12(1): 75. (SCI收录, IF=5.168, 中科院分区:生物学3区)

[5]      Li H, Shi M*, Ren K, Zhang L, Ye W, Zhang W, Cheng Y, Xia X-Q*. Visual Omics: A web-based platform for omics data analysis and visualization with rich graph-tuning capabilities. Bioinformatics, 2023, 39(1): btac777. (SCI收录, IF=6.931, IF5=8.778, 中科院分区:数学与计算生物学2区)

[6]      He W#, Shi M#, Xia X-Q, Zhang W, Yao W, Gao T. The chromosome-level genome assembly of goldstripe ponyfish (Karalla daura) reveals its similarity to Chinese sillago on contracted immune gene families. Frontiers in Marine Science, 2022, 9: 1049138. (SCI收录, IF=5.247, IF5=5.720, 中科院分区:海洋与淡水生物学1区)

[7]      Duan Y, Zhang Q, Jiang Y, Zhang W, Cheng Y, Shi M*, Xia X-Q*. Dynamic transcriptional landscape of grass carp (Ctenopharyngodon idella) reveals key transcriptional features involved in fish development. International Journal of Molecular Sciences, 2022, 23: 11547. (SCI收录, IF=6.208, IF5=6.628, 中科院分区:生物学2区Top)

[8]      石米娟, 张婉婷, 程莹寅, 夏晓勤*. 基于全基因组分析的鱼类育种技术原理与应用. 中国农业科技导报, 2022, 24(2): 33-41. (核心刊物)

[9]      Huang R#, Shi M#, Luo L, Yang C, Ou M, Zhang W, Liao L, Li Y, Xia X, Zhu Z, Wang Y. De novo screening of disease-resistant genes from the chromosome-level genome of rare minnow using CRISPR-cas9 random mutation. GigaScience, 2021, 10(11): giab075. (SCI收录, IF=7.658, IF5=8.439, 中科院分区:生物学2区)

[10] Ye W, Duan Y, Zhang W, Cheng Y, Shi M*, Xia X-Q*. Comprehensive analysis of hub mRNA, lncRNA and miRNA, and associated ceRNA networks implicated in grass carp (Ctenopharyngodon idella) growth traits. Genomics, 2021, 113(6): 4004-4014. (SCI收录, IF=4.310, IF5=4.380, 中科院分区:生物学3区)

[11] Shi M#, Luo H#, Zhang W, Jiang Y, Chen J, Cheng Y, Hu W*, Xia X-Q*. A genome-wide linkage map and QTL mapping for growth traits of Asian rice-field eel (Monopterus albus). Aquaculture, 2021, 536: 736394. (SCI收录, IF=5.135, IF5=5.125, 中科院分区:海洋与淡水生物学1区)

[12] Duan Y, Zhang W, Cheng Y, Shi M*, Xia X-Q*. A systematic evaluation of bioinformatics tools for identification of long noncoding RNAs. RNA, 2021, 27: 80-98. (SCI收录, IF=5.636, IF5=5.274, 中科院分区:生物学3区)

[13] Shi M, Zhang Q, Li Y, Zhang W, Liao L, Cheng Y, Jiang Y, Huang X, Duan Y, Xia L, Ye W, Wang Y*, Xia X-Q*. Global gene expression profile under low-temperature conditions in the brain of the grass carp (Ctenopharyngodon idellus). PLoS One, 2020, 15(9): e0239730. (SCI收录, IF=3.752, IF5=4.069, 中科院分区:综合性期刊3区)

[14] Huang X#, Jiang Y#, Zhang W, Cheng Y, Wang Y, Ma X, Duan Y, Xia L, Chen Y, Wu N, Shi M*, Xia X-Q*. Construction of a high-density genetic map and mapping of growth related QTLs in the grass carp (Ctenopharyngodon idellus). BMC Genomics, 2020, 21:313. (SCI收录, IF=4.558, IF5=4.930, 中科院分区:生物学2区Top)

[15] Chen Y#, Shi M#, Cheng Y, Zhang W, Tang Q*, Xia X-Q*. FVD: The fish-associated virus database. Infection, Genetics and Evolution, 2018, 58:23-26. (SCI收录, IF=4.393, IF5=3.656, 中科院分区:医学3区)

[16] 石米娟, 程莹寅, 张婉婷, 夏晓勤*. 浅析基因组大小的进化机制. 科学通报, 2016, 61(30): 3188-3195. (核心刊物)

专利：

1.       夏晓勤，石米娟，张婉婷，程莹寅。基于亲本基因型与子代表型的全基因组关联分析算法。中国，申请号或专利号：ZL202111037346.5，授权公告号：CN113793637B（2021/9/6申请，2022/07/26授权）

2.       夏晓勤，夏雷，石米娟，张婉婷，程莹寅。一种筛选用于二倍体群体亲子鉴定的分子标记组合的方法。中国，申请号或专利号：ZL202110514979.4，授权公告号：CN113096734B（2021/5/11申请，2021/12/14授权）

欢迎有遗传学、水产学、统计学或计算机科学背景的考生报考。