水生生物研究所是国务院批准的首批具有博士、硕士研究生学位授予权的单位之一（1981年11月3日获批），拥有博士生导师审定权，也是国家批准可以招收港澳台研究生和外国留学生的单位。

水生生物研究所从1956年开始培养研究生，到1965年已招收培养研究生20名。截至目前，水生生物研究所已培养毕业研究生2368人，其中博士毕业生1526人，硕士毕业生842人。在读博士生314人，硕士生293人，联合培养研究生184人。

水生生物研究所是中国科学院博士生重点培养基地之一，也是生物学一级学科授权点单位和水产一级学科授权点单位（表1）。2011年水生生物研究所获湖北省学位与研究生教育先进单位。也曾多次荣获中国科学院和湖北省招生先进单位。

2018年2月，承担并完成中国科学院大学现代农业科学学院水产系的组建工作。

现有水生生物学、遗传学、环境科学和水产养殖等四个专业博士学位授权点；有动物学、水生生物学、遗传学、环境科学、环境工程和水产养殖等六个专业学术型硕士学位授权点，并有生物与医药和资源与环境两个专业学位授权点。

表1  水生生物研究所各博士、硕士、专业硕士学位授予点获批时间表

★ 动物学 专业代码：071002

动物学是生命科学的一个分支，主要研究动物的形态结构与生理功能、行为与生态适应、遗传机制与发育过程、种群分布与动物地理学、资源利用与物种保护、物种分类与系统演化等。动物学是一门既古老又年轻，既经典有充满活力的学科。水生生物研究所的动物学研究历史非常悠久，拥有大批动物学研究的元老，如秉志、伍献文、王家辑、倪达书等。在鱼类与水生无脊椎动物的形态解剖、分类与生态等领域做出了若干开创性的研究。代表性的工作包括《鲤鱼解剖》、《中国鲤科鱼类志》、《中国淡水轮虫志》等等。水生生物研究所注重引入新的科学理论，发展新的研究手段，瞄准世界科学发展前沿，面向国家发展需求，为动物学的发展注入新的活力。水生生物研究所在国内最早引入分支系统学理论开展鱼类系统发育研究，较早开展了鱼类的分子系统学、比较基因组学研究，深入而有效地进行了长江鱼类和江豚的保护生物学研究，开创了国内的鱼类实验动物研究。目前水生生物研究所的动物学研究对象涉及了水生无脊椎动物到鱼类和江豚等众多的类群；研究场所既有实验室的分析，也涉及广阔的野外生境；研究手段既有分子、基因的分析，也有形态和组织特征，稳定同位素分析和声纳探测，以及遥感数据分析等。

★ 水生生物学 专业代码：071004

水生生物学是研究水生生物的生命现象及其与生存环境相互作用的一门学科，研究和解决与水生生物资源和水环境保护的关键性和综合性的理论和应用问题。水生生物研究所是国内最早开展水生生物学研究的科学研究单位，是我国从事水生生物学领域综合性研究的唯一科研机构，在国际上具有重要的学术地位和影响。主攻方向是水体生态学，同时开展水生生物的分类、区系、进化、保护、遗传、发育、生理生化、病毒和相关生物技术的研究。由水生生物研究所编著的《中国鲤科鱼类志》、《中国鞘藻目专志》等专著成为本领域的经典性文献。水生生物学专业的研究成果丰富了水生生物学及其相关领域的理论，也为国家制定重要水生生物资源的保护、水生态质量标准、全球变化对策等方面提供了可靠的科学依据。

1999年，由刘建康院士主编，水生生物研究所10余位各研究领域的专家参与编写的《高级水生生物学》作为《中国科学院研究生教学丛书》正式出版。

★ 遗传学 专业代码：071007

遗传学是研究生物遗传、变异及其规律的学科，它主要研究基因的结构、功能及其变异、传递和表达特征。根据研究层次或研究对象的不同，它又可分为：细胞遗传学、分子遗传学、群体遗传学、数量遗传学、发育遗传学、进化遗传学等等分支学科。特别是自Watson和Crick在1953年建立DNA双螺旋结构模型以来，分子生物学的原理和方法广泛渗入遗传学研究领域，使得分子遗传学进入了一个飞速发展的时代。目前，分子遗传学在揭示生物体的遗传奥秘、阐明基因的结构和功能、解析基因发挥生物学的分子机制、改良物种品质和培育优良新品种等领域中发挥着不可或缺的作用。

水生生物研究所是国内最早开展鱼类遗传学和藻类遗传学研究的科学研究单位，在鱼类和藻类发育遗传、细胞遗传、体细胞遗传、群体遗传、分子遗传和进化遗传等方面的理论和应用研究上都取得了突破性的进展。水生生物研究所率先在世界上开展转基因鱼研究，于1984年获得世界上第一批转基因鱼；在世界上第一个获得体细胞克隆脊椎动物；培育了在全国广泛推广的异育银鲫“中科3号”、“中科5号”等新品种。近年来，在揭示鱼类生长、性别决定与控制、抗逆、抗病、饲料转化、营养品质等重要性状相关基因，以及阐明这些基因的功能和机制等方面做出重要贡献，为培育养殖鱼类优良品种奠定了基础。

★ 环境科学 专业代码：077601

环境科学是一门研究人类社会发展活动与环境演化规律之间相互作用关系，寻求人类社会与环境协同演化、持续发展途径与方法的科学。直到20世纪60年代才成为正式学科。1962年，Rachael Carson具有里程碑意义的生态学著作《寂静的春天》出版，使环境类主题成为热点，使公众对环境运动的关心度上升，从而开创了环境研究这一新学科领域。水生生物研究所在20世纪70年代初就开始从事环境污染的调查与治理工作，是我国开展环境科学研究最早的科学研究单位之一，在化学生态学、生物监测、环境毒理学、环境微生物、水污染治理和生态修复等环境科学领域取得了突出成绩。水生生物研究所是国内最早提出利用生物监测技术评价内陆水体污染状况的研究单位，提出的“水质微型生物群落监测～PFU法”被采用为国家标准；建立了我国第一个二噁英类化合物研究专用实验室。

★ 环境工程 专业代码：077602

环境工程主要研究运用工程技术和有关学科的原理和方法，保护和合理利用自然资源，防治环境污染，以改善环境质量的学科。环境工程专业是一门新兴的学科，建立及发展的历史还不很长。20世纪以来，为解决废气、废水、固体废弃物、噪音污染等问题，单项治理技术有了较大的发展，成为了环境工程学诞生的基础。20世纪60年代后期，美国的《国家环境政策法》（NEPA）中，规定了环境影响评价的制度。从此，对环境系统工程和环境污染综合防治的研究工作迅速发展起来。环境工程专业这门新的学科形成了。中国环境工程学科是在20世纪70年代中后期才迅速发展起来的。水生生物研究所主要围绕水污染防治工程开展研究和应用。于20世纪70年代建立了我国第一座大型氧化塘工程，被《欧盟中国简讯》专文报道建设的我国第一个大规模垂直流人工湿地应用工程。近些年在人工湿地研发、底质改良、水华控制与水生植物恢复等方面都取得了突破性的进展，科学研究成果获国家科技进步奖二等奖等。

★ 水产养殖  专业代码：090801

水产养殖学是研究水产养殖生产活动的一门学科，包括渔业资源保护与利用、水产遗传育种、水产营养、增养殖、病害与防治、渔业经营管理等多个研究领域和方向。水生生物研究所奠定和引领了我国水产养殖学的发展，最早成立了我国第一个鱼类遗传学和育种学的专业机构，创制了世界上第一条体细胞克隆鱼和第一条转基因鱼，在鱼类基因组倍性、雌核生殖机理、性控育种等研究方面成效尤为突出，连续培育出五代异育银鲫等水产新品种，是水产遗传育种学领域的领跑者之一；同时水生生物研究所是鱼类营养能量学的奠基者之一，引领了淡水鱼类营养与饲料研究的理论和实践；是鱼病学研究的开拓者之一，拥有 “农业部淡水养殖病害防治重点实验室”。目前，在水产动物遗传育种、病害与防治、营养与饲料、大水面净水渔业等方面处于国内外领先地位，拥有正高级专业技术人员17人，其中2位中国科学院院士、6位国家水产领域杰青或优青基金获得者、6位国家“大宗淡水鱼类产业技术体系”岗位科学家。第四轮教育部学科排名评估A+。