中国科学院水生生物研究所分别与华中农业大学水产学院和大连海洋大学联合创办、合作共建“水产科学菁英班”。每年分别由华中农业大学水产学院和大连海洋大学招收优秀本科生进行合作教育、联合培养。培养计划如下：

1.   菁英班招收对象：优秀的本科一年级学生（华中农业大学）；优秀的本科二年级学生（大连海洋大学）

2.   水生所指派具有研究员、副研究员职称的优秀科研人员为“菁英班”学生讲授研究所特色课程。

3.   双方加强“菁英班”学生的学术交流活动，每年选送学生参加水生所、菁英班共建高校举办的学术会议和专题讨论班。

4.   水生所开放实验室，接收菁英班学生在现有科研平台上进行科研训练（含毕业生的毕业设计)。菁英班学生参加科研实践活动时，水生所提供必要的指导教师与食宿方便，学生同时享受科研助理岗位待遇。

5.   水生所开放水生生物博物馆和国家斑马鱼资源中心等科研及知识平台供“著英班”学生参观学习，增加“菁英班”学生的科普知识。

6.   水生所出资设立“菁英班”优秀学生奖学金,对“菁英班”中各方面表现优秀的学生进行奖励。

7.   水生所为“菁英班”毕业生提供优惠的考研政策，大学为水生所推荐优秀的“等英班”毕业生为推荐免试生。